日本全国高等学校综合体育大会足球项目第三轮于7月28日进行，8场比赛过后，本届赛事八强席位全部确定。上届冠军神村学园在点球大战中遗憾出局，桐光学园与桐蔭学园两支神奈川县球队携手晋级；大津则在比赛尾声展现强大韧性，以补时绝杀的方式闯入下一轮。
神村学园遭点球淘汰，桐光学园晋级
卫冕冠军神村学园（鹿儿岛）在第三轮迎战桐光学园（神奈川）。神村学园开场仅3分钟便取得领先，但第22分钟送出点球，被对手扳平比分。此后双方均未能改写比分，比赛进入点球大战。
点球决胜中，神村学园第二位主罚球员失手，桐光学园则5罚全中，最终以点球5比4获胜。神村学园因此止步16强，未能延续卫冕征程。
另一场强强对话中，静冈学园（静冈）与鹿岛学园（茨城）常规时间战成2比2。静冈学园在点球大战中5人全部命中，以5比3取胜，拿到八强门票。
大津补时阶段上演绝杀
大津（熊本）与山形明正（山形）的比赛最后时刻高潮迭起。大津在第70分钟后不久被对手追平，但在第70分钟后第9分钟再度攻入制胜球，最终以2比1获胜。这场惊险胜利也让大津晋级八强。
2024年度冠军昌平（埼玉）则遭遇淘汰。面对近大附属（大阪），昌平上半场连丢两球，尽管下半场追回一分，仍以1比2落败。旭川实业（北海道）则在落后一球的情况下连入两球，以2比1逆转矢板中央（栃木）。
其余比赛中，泷川第二（兵库）1比0战胜山梨学院（山梨）；日章学园（宫崎）凭借终场前的进球以1比0击败富山第一（富山）；桐蔭学园（神奈川）2比0完胜九州国际大附属（福冈）。
第三轮赛果
- 桐光学园（神奈川）1比1神村学园（鹿儿岛），点球大战5比4
- 泷川第二（兵库）1比0山梨学院（山梨）
- 近大附属（大阪）2比1昌平（埼玉）
- 日章学园（宫崎）1比0富山第一（富山）
- 旭川实业（北海道）2比1矢板中央（栃木）
- 静冈学园（静冈）2比2鹿岛学园（茨城），点球大战5比3
- 桐蔭学园（神奈川）2比0九州国际大附属（福冈）
- 大津（熊本）2比1山形明正（山形）
四分之一决赛对阵
- 桐光学园（神奈川）vs 泷川第二（兵库）
- 近大附属（大阪）vs 日章学园（宫崎）
- 旭川实业（北海道）vs 静冈学园（静冈）
- 桐蔭学园（神奈川）vs 大津（熊本）
随着八强全部落位，本届赛事的竞争进一步升级。两支来自神奈川的球队仍在争夺冠军的行列中，而静冈学园、大津等传统劲旅也将继续向更高目标发起冲击。